RECURSOS HIDRICOSLa cuenca del río San Juan, es la principal fuente de recursos hídricos de la provincia, se localiza en el sector centrosudoccidental traspasando el límite interprovincial y abarcando un pequeño sector del norte de Mendoza. Posee una superficie aproximada de 38.462 km2, ocupa el alrededor del 45 por ciento de la superficie de la provincia de San Juan. El río San Juan, principal fuente de agua superficial de la cuenca, escurre de oeste a este y nace en confluencia de los Rios Castaño por el norte y de Los Patos, por el sur; que drena un extenso frente cordillerano comprendido entre los 30º30’S y los 30º40’S. Esta cuenca irriga la mayor superficie de hectáreas útiles: casi el 75 % en el Valle del Tulúm (área de influencia del Gran San Juan), 4.5% en el valle de Calingasta y 3.5 % en Ullúm-Zonda.Los recursos hídricos subterráneos del territorio sanjuanino, que al emplazarse en una zona montañosa influida por el tectonismo andino, la mayor parte se localizan en acuíferos que se localizan en valles, formando cuencas de agua subterránea. Estas cuencas se hallan separadas por cadenas montañosas integradas casi totalmente por rocas consolidadas, impermeables, de permeabilidad muy baja y alta, a las que se denomina "basamento" de la cuenca. La mayoría de las cuencas de agua subterránea de la provincia se han formado donde existen acumulaciones extensas de sedimentos cuaternarios con intervalos permeables.

En el extremo sudeste, están la laguna de Guanacache (o de Huanacache), donde desemboca el río San Juan, uno de los recursos hídricos más importantes de la región geográfica de Cuyo por su riqueza en flora y fauna.

Por otro lado el río Huaco, en el departamento Jáchal y el río Valle Fértil, en el departamento que lleva el mismo nombre, son también de gran importancia para los sanjuaninos. La provincia cuenta además con varios arroyos que son cursos de montaña de fuerte pendiente. Entre los más importantes pueden nombrarse el arroyo de Agua Negra, el de Agua Blanca, el arroyo Iglesia, el de Ojos de Agua, Las Hornillas y el arroyo Los Tapones, entre otros. También se destacan importantes obras que permiten el embalsado de ríos, tales como:

Embalse	Uso	Departamento
Ullum	Riego, turismo y generación de energía	Ullum - Zonda
Caracoles	Riego y generación de energía	Ullum - Zonda
Cuesta del viento	Turismo y generación de energía	Iglesia
Cauquenes	Riego	Jáchal
San Agustin	Riego	Valle Fértil

Flora
La provincia presenta una elevada aridez en donde son completamente escasas las precipitaciones y una gran amplitud térmica diaria y estacional. Esta extrema aridez es interrumpida por los oasis o valles, formados a orillas de los ríos que nacen en los glaciares cordilleranos.La vegetación xerófila es la más común, destacándose el estrato arbóreo: algarrobo, chañar; estrato arbustivo: jarillas, chilca, alpataco, retamo. Vegetación palustre como: junco, totora. En herbáceas: junquillo, en cestería y más artesanías.                

                

Fauna
La fauna se distribuye según sea la altura y la vegetación presente en una determinada zona, ya que esta es la base de su alimentación.Algunas de las especies que componen la fauna general de esta provincia son muy preciadas por cazadores furtivos que diezman las comunidades y convierten a los animales en especies en extinción. Una de las más amenazadas de la provincia de San Juan es la vicuña, perseguida por su lana. También están en peligro la iguana, el cóndory el zorro colorado y las tortugas terrestres. Es el caso por el cual esta provincia brinda protección a la vicuña que es un animal que está en peligro de extinción, en la región, para ello existe la Parque Nacional San Guillermo, que fue declarado por la Unesco como Reserva de la Biosfera.San Juan presenta una fauna que está representada por una gran variedad de especies andinas, patagónicas y pampeanas. Los mamíferos que se encuentran en la provincia son: guanaco, vicuña, zorro, puma, liebre europea, mara, vizcacha, comadreja, quirquincho, hurón, pecarí, coipo, chinchilla grande y armadillos. La trucha, pejerrey, bagre y carpa, son algunos de peces que habitan en los ríos.San Juan en el 2009 contaba con 15 áreas protegidas que ocupan más del 22 por ciento del total del territorio. Un dato que comienza a tomar valor cuando se sabe que es la provincia de mayor superficie amparada por normas especiales de conservación, y que muchas de estas zonas son únicas en el continente (América) y en el mundo por su valor paleontológico o silvestre.